Hay varias formas de solucionarlo, aunque seguramente dependerá del proveedor, cada uno puede tener una forma de actuar en este caso.

Solución 1. Envío del proveedor al centro de una factura rectificativa.

A su vez tiene dos variantes:

1.1. Envío del proveedor al centro de una factura rectificativa negativa por diferencias o positiva por diferencias, depende de que el error sea haber pagado de más o de menos.

1.2. Envío del proveedor al centro de una factura rectificativa íntegra.
¡¡¡¡Cuidado. Este método no lo debemos permitir si la factura errónea ya ESTÁ PAGADA.!!!!
La factura rectificativa íntegra significa "olvidemos la errónea y págame esta otra". Pero claro no nos podemos olvidar de la factura errónea si está ya pagada.

Solución 2. Nos devuelve la factura incorrecta mediante un ingreso al banco.
Se graba como un ingreso al centro. Compensa la factura errónea pagada. 
Luego se graba y paga la nueva.

Solución 3. Nos devuelve sólo la diferencia cobrada de más con un ingreso al banco.
Se graba como un ingreso al centro. Compensa la parte cobrada de más en la factura errónea.

Cuando se paga de más, los dos métodos usado por el proveedor en este caso se pueden usar para solventar el problema, pero sólo un método, no los dos a la vez.

Si es un proveedor con el que tenemos relación continuada, lo suyo hubiera sido que emitiese una factura electrónica rectificativa negativa (por diferencias).

Esa factura se deja hasta que se reciba otra factura positiva posterior. Al pagar ésta última se descuenta el importe de la negativa y ya queda resuelto el problema.

Otro modo, quizás más simple, es el de hacer el proveedor un ingreso con lo pagado de más.

Se contabiliza como un “Ingreso al centro” y ya está.

Pero, insisto, ambos métodos son incompatibles.

Dado que ya está hecho así por parte del proveedor lo que hay que hacer es Rechazar la factura electrónica rectificativa y contabilizar el ingreso del proveedor con un siento del tipo Ingresos al centro.

Se habla con el proveedor para explicar lo que se ha hecho y ya está resuelto el problema.